Die Innungskrankenkassen sind selbstverwaltete Körperschaften des öffentlichen Rechts. Der Verwaltungsrat ist paritätisch mit Versicherten- und Arbeitgebervertretern besetzt, während die vom Verwaltungsrat gewählten Vorstände der IKKn die laufenden Geschäfte führen. In Deutschland gibt es 14 IKKn, in fast allen Bundesländern eine. Einige der IKKn agieren überregional für zwei oder mehr Regionen bzw. einzelne auch deutschlandweit. Neben der klassischen Organisationsstruktur mit Geschäftsstellen gibt es noch zwei Direkt-IKKn: diese können von den Versicherten nur über moderne Kommunikationskanäle erreicht werden.

Die IKKn sind im IKK-Bundesverband mit Sitz in Bergisch Gladbach zusammengeschlossen. Dieser ist durch die Gesundheitsreform 2007 gemäß § 212 SGB V seit dem 1. Januar 2009 eine Gesellschaft bürgerlichen Rechts. Schon seit dem 1. Juli 2008 werden wesentliche Funktionen durch den neu gebildeten GKV-Spitzenverband übernommen.

Am 29. Oktober 2009 beschlossen die Verwaltungsräte der IKK Baden-Württemberg und Hessen, der IKK Hamburg, der IKK Sachsen und der IKK Thüringen eine Fusion zum 1. Januar 2010. Die damit entstehende Innungskrankenkasse firmiert unter dem Namen IKK classic und wird mit über 1,8 Millionen Versicherten die größte IKK Deutschlands sein.

Die IKK haben in Deutschland bereits 6 Millionen Versicherte (Stand Oktober 2007). Das entspricht einem Marktanteil von knapp 8 %. Der Anteil kostenfrei mitversicherter Familienangehöriger beträgt über 25 % (Stand Juni 2007). In der Veränderung zum Vorjahr weisen die IKKn ein weit über dem Branchendurchschnitt liegendes Mitgliederwachstum von 15 Prozent auf.