Bis auf die BAHN-BKK gehören alle Betriebskrankenkassen einem der folgenden BKK Landesverbände an. Die Zugehörigkeit der einzelnen Betriebskrankenkassen zu dem jeweiligen Landesverband richtet sich nach dem Hauptsitz der BKK.

Die BKK Landesverbände bilden zusammen mit der BAHN-BKK den BKK-Bundesverband, der seinen Sitz in Essen hat. Dieser ist durch die Gesundheitsreform 2007 gemäß § 212 Fünftes Buch Sozialgesetzbuch (SGB V) seit dem 1. Januar 2009 eine Gesellschaft bürgerlichen Rechts. Er ist die politische und fachliche Interessenvertretung der BKKs auf Bundesebene. Schon seit dem 1. Juli 2008 werden wesentliche gesetzliche Aufgaben durch den neu gebildeten GKV-Spitzenverband übernommen. Der BKK-Bundesverband ist somit vor allem zuständig für den Dialog mit Politik und Spitzenorganisationen des Gesundheitswesens, für die Presse- und Öffentlichkeitsarbeit, für die Pflege der BKK als Marke und für die Zeitschrift Die BKK. Die Abwicklung früher verantworteter Dienstleistungsfunktionen im Auftrag der jeweiligen Gesellschafter und Kunden übernehmen spezialisierte Organisationen.

Als Gemeinschaftsunternehmen der Betriebskrankenkassen wurde 2007 das Unternehmen „spectrum|K“ gegründet.